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菌落總數即為食品檢樣經過處理，在一定條件下（如培養基、培養溫度和培養時間等）培養后，所得每g（mL）檢樣中形成的微生物菌落總數。菌落總數主要作為判定食品被污染程度的標志，也可以應用這一方法觀察細菌在食品中繁殖動態，以便對被檢樣品進行衛生學評價時提供依據。
每種細菌都有它一定的生理特性，培養時應用不同的營養條件及其他生理條件（如溫度、培養時間、pH、需氧性質等）去滿足其要求才能將各種細菌都培養出來。但在實際工作中，一般都只用一種常用的方法。細菌菌落總數的測定，所得結果，只包括一群能在營養瓊脂上發育的嗜中溫性需氧菌的菌落總數。菌落總數并不表示樣品中實際存在的所有細菌總數，菌落總數并不能區分其中細菌的種類，所以有時被稱為雜菌數，需氧菌數等。
菌落總數檢測一般步驟為：
采樣 — 樣品制備與稀釋 — 倒平板 — 涂布平板 — 倒置培養 — 菌落計數 — 計算菌落總數
在常見的菌落檢測過程中，有哪些產品是可以使用呢？我們在此梳理一下。
樣品制備，需要對樣品進行均質，根據需要檢測的樣品不同。應用不同的均質設備，如均質機，拍打式均質器等；
樣品的稀釋，國標中采用1:10的十倍稀釋方法，各種手動精密移液器，瓶口分液器，移液管控制器為液體操作提供了保證。
倒平板，使用的培養基為含有瓊脂的固體培養基。培養基在配備的過程中需要經過煮沸和保溫的步驟。加熱磁力攪拌器，可極大節約培養基制備時間。在倒平板之前，需要恒溫培養基46±1 ℃， 恒溫水浴鍋，可以提供的溫度控制和恒溫條件；
涂布平板，培養基在培養皿中冷卻成固態之后，將稀釋后的樣品用移液器取1mL,滴到培養基表面，用涂布棒涂勻。有的培養皿轉盤，可以有效的將樣品液均勻的涂布在培養基表面。
倒置培養，將涂布完畢的平板，放入恒溫培養箱中進行培養，一般培養時間約為48h。各種規格的臺式及落地式培養箱，非常適合規范化培養要求。
菌落數計算，經過48小時的培養之后，在培養基表面會長出菌斑，每個菌斑代表一個微生物。一般在培養皿中菌落數為30-300個之間，為有效菌落數。低于30個，會因為樣本量不足，隨機性大；超過300個，會因為菌落數太多，過于密集產生菌斑重疊等現象，不利于準確計數。菌落計數器，是帶有非閃爍式環形光源，放大鏡，壓力傳感器，計數筆等，可以讓使用者輕松計數。
計算菌落總數，培養皿中的菌落數需要通過公式換算。 菌落計數器配套軟件可以直接通過壓力傳感器進行培養皿中菌落計數，通過軟件內嵌程序直接計算出被檢測樣品中菌落總數。
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